ENCORI: The Encyclopedia of RNA Interactomes.

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E N C O R I : T h e E n c y c l o p e d i a o f R N A I n t e r a c t o m e s . V i s i t O u r N e w E N C O R I W e b s i t e ! s t a r B a s e ( C i t e O u r P a p e r ) O R E N C O R I ( T h e E n c y c l o p e d i a o f R N A I n t e r a c t o m e s ) i s a n o p e n l y l i c e n s e d a n d s t a t e o f t h e a r t p l a t f o r m t o d e c o d e t h e c e l l u l a r i n t e r a c t i o n n e t w o r k s a m o n g t h o u s a n d s o f R N A b i n d i n g p r o t e i n s ( R B P s ) a n d v a r i o u s R N A s . W e h a v e i d e n t i f i e d m i l l i o n s o f R B P R N A a n d R N A R N A i n t e r a c t i o n s t h r o u g h a n a l y z i n g t h o u s a n d s o f C L I P s e q a n d v a r i o u s h i g h t h r o u g h p u t s e q u e n c i n g d a t a b y d e v e l o p i n g n e w s o f t w a r e a n d t o o l s , a n d s t u d i e d t h e i r f u n c t i o n s a n d m e c h a n i s m s i n h u m a n d i s e a s e s . I n s u m m a r y , E N C O R I i d e n t i f i e s m o r e t h a n 4 . 1 m i l l i o n m i R N A n c R N A , 2 . 9 m i l l i o n m i R N A m R N A , 4 . 1 m i l l i o n R B P R N A a n d 1 . 5 m i l l i o n R N A R N A i n t e r a c t i o n s f r o m m u l t i d i m e n s i o n a l s e q u e n c i n g d a t a . A c c o m p a n y w i t h g e n e e x p r e s s i o n d a t a o f 3 2 t y p e s o f c a n c e r s w h i c h a r e d e r i v e d f r o m 1 0 , 8 8 2 R N A s e q a n d 1 0 , 5 4 6 m i R N A s e q d a t a , E N C O R I a l l o w s r e s e a r c h e r s p e r f o r m i n g P a n C a n c e r a n a l y s i s o n R N A R N A a n d R B P R N A i n t e r a c t i o n s . E N C O R I a l s o p r o v i d e s p l a t f o r m s t o p e r f o r m t h e s u r v i v a l a n d d i f f e r e n t i a l e x p r e s s i o n a n a l y s i s o f m i R N A s , l n c R N A s , p s e u d o g e n e s a n d m R N A s . H o w t o c i t e : Z h o u K R , L i u S , C a i L , B i n L , e t a l . E N C O R I : T h e E n c y c l o p e d i a o f R N A I n t e r a c t o m e s . L i J H , e t a l . s t a r B a s e v 2 . 0 : d e c o d i n g m i R N A c e R N A , m i R N A n c R N A a n d p r o t e i n R N A i n t e r a c t i o n n e t w o r k s f r o m l a r g e s c a l e C L I P S e q d a t a , N u c l e i c A c i d s R e s . 2 0 1 4 J a n ; 4 2 : D 9 2 7 . E N C O R I C i t a t i o n s ( 2 0 1 8 2 0 2 2 )       C i t e O u r P a p e r > 1 3 5 0 0 C i t a t i o n s i n G o o g l e S c h o l a r ( s t a r B a s e o r E N C O R I ) A v e r a g e D a i l y U s a g e : ~ 5 0 0 0 v i s i t s f r o m ~ 5 0 0 u n i q u e r e s e a r c h e r s A v e r a g e A n n u a l U s a g e : > 1 , 0 0 0 , 0 0 0 v i s i t s f r o m > 1 0 0 c o u n t r i e s S t a t i s t i c s o f E N C O R I S p e c i e s : 2 3 S p e c i e s C L I P s e q d a t a : > 7 0 0 d a t a s e t s D e g r a d o m e s e q : 1 0 0 d a t a s e t s R N A R N A i n t e r a c t o m e : > 3 0 d a t a s e t s R N A s e q d a t a : > 1 0 , 8 0 0 s a m p l e s f r o m 3 2 c a n c e r t y p e s m i R N A s e q d a t a : > 1 0 , 5 0 0 s a m p l e s f r o m 3 2 c a n c e r t y p e s D i s e a s e d a t a : > 3 , 2 3 6 , 0 0 0 m u t a t i o n s f r o m 3 6 6 d i s e a s e t y p e s m i R N A n c R N A ( C L I P ) : > 1 , 1 0 0 , 0 0 0 i n t e r a c t i o n s m i R N A m R N A ( C L I P ) : > 2 , 5 0 0 , 0 0 0 i n t e r a c t i o n s R B P m R N A : > 1 , 2 0 8 , 9 0 0 i n t e r a c t i o n s R B P n c R N A : > 1 1 7 , 0 0 0 i n t e r a c t i o n s R N A R N A : > 1 , 5 3 0 , 0 0 0 i n t e r a c t i o n s m i R N A n c R N A ( d e g r a d o m e ) : > 3 2 , 0 0 0 i n t e r a c t i o n s m i R N A m R N A ( d e g r a d o m e ) : > 4 5 9 , 0 0 0 i n t e r a c t i o n s c e R N A : > 1 1 , 7 0 0 , 0 0 0 p a i r s f u n c t i o n a n n o a t i o n : > 1 9 , 9 0 0 f u n c t i o n a l t e r m s f r o m 1 5 c a t e g o r i e s P a n C a n c e r : D i f f e r e n t i a l E x p r e s s i o n , S u r v i v a l A n a l y s i s , C o E x p r e s s i o n F o r b e t t e r b r o w s e e x p e r i e n c e , C h r o m e i s s t r o n g l y r e c o m m e n d e d . F i r e f o x 6 1 , O p e r a 5 4 , S a f a r i 5 a n d M i c r o s o f t E d g e a r e a l s o s u p p o r t e d . I E 7 1 1 a n d I E c o r e b r o w s e r s a r e n o t s u p p o r t e d .

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